پیش از دوره قاجاریه نامی از اداره فلاحت و یا وزارت فلاحت در هیچ کتابی نیست، بلکه همه جا گفتگو از املاک شاه و دیوان خالصجات یا اداره خالصجات است. در زمان مظفرالدین شاه در سال ۱۲۶۹ طبق تصویب نامه هیئت وزرا اداره‌ای به نام اداره کل فلاحت و تجارت تاسیس شد.

در سال ۱۳۰۹ وزارت فلاحت و تجارت و فواید به ۲ وزارتخانه تقسیم شد، وزارت اقتصاد ملی و وزارت راه اداره‌های فلاحت و تجارت و معادن، وزارت اقتصاد ملی را تشکیل می‌داد.
در شهریورماه ۱۳۱۰ وزارت اقتصاد ملی به سه اداره کل تقسیم شد که عبارت بود از اداره کل فلاحت، اداره کل صناعت و اداره کل تجارت.در سال ۱۳۱۱ از دو اداره کل فلاحت و صناعت، یک اداره کل به نام اداره کل صناعت و فلاحت شکل گرفت که پس از دو الی سه سال از هم جدا شدند و دوباره اداره کل فلاحت و اداره کل صناعت هر یک جداگانه تاسیس شد و پس از چند سال نام اداره کل فلاحت به اداره کل کشاورزی تبدیل شد.

از شهریورماه ۱۳۲۰ اداره کل کشاورزی به وزارت کشاورزی تغییر یافت.

- در سال ۱۳۳۵ هدف و وظایف وزارت کشاورزی و شرح وظایف آن تدوین شد.
- در سالهای ۱۳۴۶ و ۱۳۴۷ با تصویب قوانینی چهار وزارتخانه کشاورزی، اصلاحات ارضی، منابع طبیعی، تولیدات کشاورزی و مواد مصرفی فعالیت‌های مربوط به بخش کشاورزی را عهده‌دار شدند.
- در سال ۱۳۵۰ وزارت منابع طبیعی منحل شد و وزارت کشاورزی و منابع طبیعی به وجود آمد.
- در سال ۱۳۵۶ از ادغام وزارت کشاورزی و منابع طبیعی و وزارت تعاون و امور روستاها وزارت کشاورزی و عمران روستایی تشکیل شد وسازمان آن در سال ۱۳۵۸ به تصویب رسید.
- در سال ۱۳۵۹ براساس یک لایحه قانونی مراکز خدمات کشاورزی، روستایی و عشایری شکل گرفت.
- در سال ۱۳۶۲ وظایف عمران روستایی و سازمان امور عشایری از وزارت کشاورزی جدا و به وزارت جهادسازندگی محول شد.
- در سال ۱۳۶۶، سازمان شیلات و آبزیان از وزارت کشاورزی جدا و جزو وزارت جهادسازندگی شد.
- در سال ۱۳۶۸ بنا به تصویب مجلس شورای اسلامی امور بازرگانی چای از وزارت بازرگانی جدا و به وزارت کشاورزی محول شد.
- در سال ۱۳۶۹، منابع طبیعی و امور دام براساس قانون تفکیک وظایف وزارتخانه‌های کشاورزی و جهادسازندگی مصوب ۱۱/۶/۶۹ مجلس شورای اسلامی به وزارت جهادسازندگی واگذار شد.

تاریخچه تشکیل جهادسازندگی

جهادسازندگی با محوریت محرومیت ‌زدایی در کشور و آبادانی خرابی‌های رژیم گذشته به فرمان امام خمینی (ره) در ۲۷ خرداد ماه ۱۳۵۸ تشکیل شد و یکی از رخدادهای مهم انقلاب اسلامی محسوب می‌شود که شکل‌گیری و روند حرکت آن توانست دستاوردها و توفیقات فراوانی را عاید نظام اسلامی ایران کند. خرد و اندیشه والای بنیانگذار جمهوری اسلامی در تاسیس جهادسازندگی از آنجا بیشتر واقع و روشن می‌شود که این نهاد مردمی و برخاسته از بطن و متن انقلاب اسلامی با داشتن کمترین اتکاء به دولت و در پی بهره گرفتن از روحیه‌ای معنوی و ارزشی و الهی  وجهادی توانست در تمامی صحنه‌ها وعرصه‌های انقلاب در طول ۸ سال دفاع مقدس و در دوران های بازسازی و سازندگی کشور پیشگام و پیش آهنگ سایر دستگاه ها و سازمان ها باشد و هر روز با قبول مسئولیت‌ها و وظایف خطیر و متعدد به وزارتخانه‌ای گسترده و با تعدد وظایف بسیار در مقایسه با سایر دستگاه ها و وزارتخانه‌ها تبدیل شود و نقش مهمی را در نظام اجرایی کشور به دست گیرد و عهده‌دار وظایفی چون عمران و آبادانی روستاها، وظیفه‌مندی تامین و تولید فرآورده‌های پروتئینی و غذایی (امور دام و شیلات)، فعالیت در عرصه وسیع منابع طبیعی، آبخیزداری و آبخوانداری، آموزش و تحقیقات، ترویج و مشارکت مردمی در بسیج نیروهای مردمی در امر تولید و سازندگی و... باشد.

الف) اهداف:
- ابلاغ پیام روح بخش انقلاب اسلامی به اقصی نقاط دور افتاده و محروم روستایی کشور
- محرومیت‌زدایی و ارائه خدمات عمرانی، رفاهی، بهداشتی و آموزشی به روستاییان و عشایر
- فراهم آوردن زمینه‌های حضور و مشارکت گسترده روستاییان در عرصه تولید و سازندگی
- اولویت دادن به روستا به عنوان پایگاه تولید و کشاورزی و خودکفایی غذایی در کشور
- حرکت به سوی استقلال و خودکفایی کشور از طریق توسعه کشاورزی، دامداری، صنایع روستایی با همکاری سایر دستگاههای اجرایی و جلب مشارکت اقشار مختلف مردم

ب) وظایف و مسئولیت‌ها:
جهادسازندگی با وظیفه محوری محرومیت‌زدایی و عمران و آبادانی روستاهای کشور فعالیت خود را آغاز کرد. جهادگران پرشور و نشاط و انقلابی در سایه ایمان و تعهد و توکل به خداوند متعال توانستند در این مسئولیت های خطیر موفق شوند، جهادسازندگی در جنگ نیز با قبول مسئولیت‌های متعدد چون ارائه خدمات فنی و مهندسی و ساخت سنگر، خاکریز و پل و... در خطوط مقدم جبهه و جنگ شگفتی ساز شد وجهادگران ازسوی امام راحل لقب «سنگرسازان بی سنگر»را کسب کنند و پس از اتمام جنگ جهادسازندگی با کوله باری از تجربه و انگیزه‌ای قوی‌تر پابه میدان بازسازی و سازندگی گذاشت.
جهادسازندگی که در سال ۶۲ به علت پویایی و انعطاف پذیری در مجامع تصمیم‌گیری و سیاستگذاری با تصویب مجلس شورای اسلامی به وزارتخانه تبدیل شده بود، در سال ۶۹ جهت انجام وظایف به شکل اصولی‌تر قانون تفکیک وظایف وزارتخانه‌های جهادسازندگی و کشاورزی در مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید و برابر این قانون علاوه بر عهده‌دار بودن توسعه عمران و صنایع روستایی و بهسازی روستایی، رسیدگی به امور عشایر وظایف دیگری چون وظیفه حفظ و احیاء و گسترش و بهره‌برداری از منابع طبیعی و جنگل و مرتع و آبخیزداری و امور دام و شیلات از وزارت کشاورزی جدا و به عهده وزارت جهادسازندگی واگذار شد و این وزارتخانه عهده‌دار وظایف خطیر و متعددی به شرح زیر شد:
- بخش عمران و صنایع روستایی: آبرسانی، برق رسانی، احداث راه، بهسازی و توسعه صنایع روستایی.
- بخش منابع طبیعی: حفظ، احیاء، حمایت و بهره‌برداری از عرصه‌های جنگلی، مرتعی و بیابانی.
- بخش امور دام و شیلات: تولید و تامین فرآورده‌های دامی و پروتئینی در کشور، گوشت قرمز، گوشت سفید، تخم مرغ، شیر، ماهی و...
- بخش آبخیزداری: توسعه آبخیزها، عملیات آبخیزداری، حفاظت از آب و خاک و بروز سیل.
- بخش ترویج و مشارکت مردمی: جلب مشارکت مردم و بسیج تواناییهای روستاییان با آموزش و انتقال دانش فنی جدید برای افزایش کارایی روستاییان در تولید و سازندگی.
- بخش آموزش و تحقیقات: توسعه و تقویت بنیه علمی و نیروی انسانی جهادسازندگی و اجرای پروژه‌های تحقیقاتی در زمینه امور دام و منابع طبیعی.
- بخش دامپزشکی: تامین بهداشت دام و فرآورده‌های دامی و توسعه کشتارگاههای صنعتی.
- بخش امور عشایر: تلاش برای ارتقا سطح زندگی و رفاه عشایر با اسکان خدمات رسانی به آنان.
- خدمات فنی و مهندسی: ساخت سد، سیلو، پل و...
- جهادسازندگی و فعالیت‌های خارج از کشور

تشکیل وزارت جهادکشاورزی

بخش کشاورزی و توجه به توسعه و عمران روستاها پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران همواره مورد اهتمام و تائید قانونگذاران، برنامه‌ریزان و دستگاه‌های اجرایی و محور توسعه اقتصادی و اجتماعی بوده که همین موضوع باعث تحولات وسیعی در عرصه کشاورزی و روستاها و مناطق عشایری شده است.
اما به دلیل برخی ناهماهنگی‌ها و سیاست‌ها، نظام‌ها و روش‌های ناکارا، تداخل وظایف، دوباره کاری‌ها و بروز حوادث طبیعی (نظیر خشکسالی و سیل) بخش کشاورزی در سالهای اخیر با دشواری‌هایی رو به رو بوده که مانع از رشد مطلوب این بخش شده است.
به منظور رفع این نابسامانی‌ها و نارسایی‌ها، براساس قانون برنامه سوم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران دولت مکلف شد در جهت اصلاح نظام اداری، کاهش تصدی‌های غیرضروری، ارتقای بهره‌وری و کارایی نیروی انسانی و مدیریت دستگاه‌های اجرایی، حذف موازی کارهای و تجمیع امور کشاورزی، دام، توسعه و عمران روستایی تدابیر لازم را اتخاذ کند.
در این راستا، لایحه ادغام وزارتخانه‌های جهادسازندگی و کشاورزی و تشکیل وزارت جهادکشاورزی از سوی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی تهیه و پس تصویب هیات وزیران در تاریخ بیست و ششم مردادماه سال ۱۳۷۹ با قید یک فوریت به مجلس شورای اسلامی تقدیم شد. این لایحه پس از ماه‌ها بحث و بررسی کارشناسی، سرانجام در تاریخ ۶ دی ماه سال ۱۳۷۹ به تصویب نمایندگان مجلس شورای اسلامی رسید و تاریخ ۱۰ دی ماه ۱۳۷۹ توسط شورای نگهبان تایید شد.